在水处理中可以作为阻垢剂和缓冲剂，提高水中的硬度、酸度和碱度平衡，在高温、高压下缓解水垢生成。
也通常用于调节水的PH值，从而改善水的活化能力。
在水处理领域用作锅炉水的处理剂，在高压锅炉系统，为了保持锅炉内适当高的碱度，而又不使水中产生更多的OH-，就要使用磷酸盐产品，主要用磷酸二氢钠和磷酸氢二钠。为了将炉水的pH值控制在最佳范围，通常磷酸氢二钠与磷酸三钠或磷酸二氢钠复配使用。同时，再投加适量的分散剂以控制可能产生的沉积物。锅炉补充水分应保证纯度高、水量足。
另外还会用于消除水中的污染物，保证水质达标。
它还可以用于废水处理，帮助去除废水中的重金属离子。
